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Comandancia para el caso de necesitar ayuda. Además que el comandante, como el virrey, dependerían directamente del Rey a quien representarían ejerciendo funciones del Real 52 Patronato. Como funcionario directo del Rey y del ministro de Indias, De Croix representó al Patronato Real. Un caso que podemos traer a colación sería el conflicto entre él y los misioneros de la provincia de Jalisco por la modificación hecha al reglamento para el cobro de los sínodos, en donde se especificaba que los padres personalmente debían acudir a cobrar el monto a la caja Real de Arizpe o podían enviar a otra persona pero mediante 53 carta autorizada. Cuando era normal que el monto total del pago se entregaba al padre provincial, sin tener que moverse los padres misioneros de sus pueblos. Lo que podemos interpretar es que el comandante trató de hacer presente el poder de su cargo sobre la orden misionera. De igual manera, pretendía hacer entender al clero que la presencia de ellos en la región dependía de la política real. El poder autónomo de la Comandancia general no perduró mucho tiempo, en el curso de su funcionamiento tuvo algunos cambios que son dignos de enunciarse: en 1785 el virrey Bernardo de Gálvez, decidió que la Comandancia General estuviera bajo sus órdenes. En 1786, el mando militar de la Comandancia se vio compartida por tres jefes, pero sólo uno era comandante general; en ese mismo tiempo se anexaron las provincias de Nuevo León y la de Santander. Al cabo de un año la Comandancia fue reducida a dos, quedando la Comandancia general de las provincias de oriente y la de occidente a cargo sólo del 54 aspecto militar y bajo las órdenes del virrey. La Comandancia General no podía controlar la zona del septentrión, por lo que de nuevo en 1790 el mando militar es dirigido por un solo comandante, pero dos años después bajo la dirección de Pedro de Nava recuperó su autonomía y su funcionamiento independiente del virrey pero sin incluir las Californias, Nuevo León y Nuevo Santander. Para 1804 la 52 Ibíd., 29-294. 53 De la Torre, 327. 54 López y del Río, 298.