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El Obispado de Sonora y la Custodia de San Carlos estaban directamente ligados a la instrumentación de la secularización de las misiones. Con la erección de la Custodia se buscaba sujetar a los ministros a lo puro religioso y al poder civil, terminar con el régimen de misiones y que los misioneros siguieran funcionando como curas en los casos que fuera necesario para remediar la falta de clérigos seculares, que llegado el momento serían 67 sustituidos por curas párrocos para implementar el cobro de diezmos y obvenciones. El proyecto tuvo un fuerte opositor, el padre Francisco Antonio Barbastro quien fue el principal promotor del rechazo de la Custodia, propugnando la extinción y el regreso a la organización antigua. Barbastro pasó a ocupar el cargo de custodio por haber fallecido fray Sebastián Flores, quien había sido electo como primer custodio en junta realizada 2 meses atrás. Para el Obispo de los Reyes, no fue muy del agrado que la oposición hubiera quedado al frente de la institución. El conflicto se agudizó y el evento que vino a calmar los ánimos fue la muerte del Obispo de los Reyes, acaecida el 6 de marzo de 1787. Para 1791 el Rey anulaba la Custodia de san Carlos ordenando que las misiones volvieran a 68 organizarse como anteriormente estaban. Secularización de las misiones. El proceso de secularización representó la fórmula para que las misiones con más de diez o veinte años de fundación pasarían a conformar nuevas instituciones jurídicas conocidas como: “doctrinas o parroquias de indios”, instituciones que dependían del clero diocesano, pero que no desarrollaron propiamente un trabajo evangelizador, sino que ejercieron su labor entre indígenas avanzados en la fe cristiana bajo la forma de doctrineros o párrocos de indios. Para evitar alguna confusión, debemos considerar la existencia de las parroquias de españoles, cuyo territorio se componía de población mixta (españoles, criollos, mestizos e indios convertidos) que las administraba espiritualmente un cura secular. Por otro lado, las doctrinas y parroquias eran entregadas tanto a curas seculares como a 69 misioneros que se convertían jurídicamente en curas doctrineros o párrocos de indios. 67 Ibíd. 68 Ibíd., 116 69 Biblioteca de autores cristianos. Historia de la Iglesia en Hispanoamérica y Filipinas (siglos XV-XIX), tomo, 1, (Madrid: Pontificia Universidad de Salamanca, 1992), 146